La mayor compañía aérea del país, Japan Airlines (JL) tiene su sede central en Tokio. Vuela de forma ininterrumpida a unos 60 destinos domésticos y a más de 30 destinos internacionales en Asia, Europa, Oceanía, América del Norte y América del Sur. JL forma parte de la alianza Oneworld y también tiene acuerdos de códigos compartidos con otras 30 compañías. La aerolínea tiene cinco Clases diferentes de servicio: Primera Clase, Clase Executive (equivalente a Clase Business), Clase Turista Superior, Clase J (Clase Turista con asientos más grandes) y Clase Turista. Su flota consta de una gran variedad de configuraciones de dos, tres y cuatro cabinas. Las plataformas principales de Japan Airlines se encuentran en el Aeropuerto Haneda de Tokio (HND) y en el Aeropuerto Internacional Narita (NRT).