La Iglesia estaba cerca de la costa y a ella concurrían pescadores, marineros y comerciantes. El edificio original era una iglesia de ladrillo de tres alas del románico tardío, que fue reemplazada por un edificio gótico más grande, con tres naves, pasillos de coro y torrecillas, alrededor de 1500.Sufrió derrumbes e incendios, como el Gran Incendio de Copenhague en 1795 y fue prácticamente destruida.Las guerras napoleónicas trajeron nuevas miserias y la parroquia se disolvió en 1806.Esto marcó el final de la vida de San Nicolás como Iglesia.Empezando el Siglo XX, se construyó una nueva aguja y una nave gótica más chica. Desde 1957, cuando K. Petersen abrió su biblioteca de arte, el edificio pasó a tener un lugar importante en el arte contemporáneo.Durante la década del 60 tuvo lugar una serie de manifestaciones vanguardistas claves; en la del 70, el Danish Visual Artists se afilio al edificio y en 1981 fue inaugurado el Salon de Exposiciones del Consejo de Copenhague, continuando hoy con sus actividades culturales.