El principal objetivo del Museo es preservar y difundir la historia de las comunidades judías de Cataluña, que a lo largo de toda la edad media formaron parte y contribuyeron decisivamente en la trayectoria histórica y al desarrollo cultural y científico del país. En la mayoría de los casos, se ha intentado ilustrar las explicaciones del recorrido museológico con ejemplos procedentes de la historia de la Girona judía. Estos ejemplos, tanto documentales como arqueológicos o iconográficos, ofrecen una explicación genérica de las formas de vida judía en la Cataluña medieval.