Hola Ovidio!
Yo sacaría los pasajes de tren una vez allá: no son tan fáciles ni comunes las compras on line desde el extranjero en sitios japoneses, no todas las líneas tienen asientos reservados, no vas en temporada alta como para temer quedarte sin lugar, y te dará mayor flexibilidad por cualquier variación con los tiempos de llegada, trámites y descenso del crucero.
Pero si es importante para la compra de pasajes en el lugar , para que te entiendan , lo más seguro es llevarte todo impreso las opciones de trenes que hayas visto el nombre de la estación desde la que salen y a la que llegan, el horario , nombre de la línea, para mostrar ya sea en la ventanilla o si alguien te ayuda con las máquinas automáticas ya que no todos manejan el inglés y a menos que tú hables japonés tu pronunciación puede ser algo diferente y hay muchos nombres de ciudades que se parecen y cambian completamente decir una letra distinta