Problema visa de estudiante francesa y doble nacionalidad

Buenos días,

 Soy colombiana y tengo 21 años. Este semestre voy a estudiar en Lyon por un periodo total de 4 meses y con ese fin tengo una Visa de estudiante VLS-T. Sin embargo, tengo doble nacionalidad argentina y accidentalmente entré a la unión europea con este pasaporte. Quisiera saber si eso quiere decir que estoy en situación irregular en el territorio europeo. Fui a la Oficina de Inmigración Francesa y me dijeron que no había de que preocuparme con tal de que mostrara el pasaporte colombiano al salir. Sin embargo, me preocupa que al cumplirse los 90 días de turismo permitidos por el pasaporte argentino quede registrado como un pasaporte en situación irregular. Además según tengo entendido, no es posible entrar a la Unión Europea con un pasaporte y luego salir con otro. Alguien sabe con quien me puedo contactar o a dónde puedo acudir para resolver esta duda?