Con solo tres días en Roma,(espero que sean completos, es decir, cuatro noches)... Yo me limitaría a lo típico y tópico que resulta imprescindible porque no te da tiempo a nada más: Coliseum y Foro romano, combinado con el centro: Plaza Navona, Panteón, Fontana di Trevi, Escalera Española...

Otro día Vaticano, al atardecer pasear hasta Trastévere para cenar

Otro día: lo que no te haya dado tiempo de lo muy esenciaL: Plaza de Torre Argentina (en las ruinas del centro de la plaza está el lugar del asesinato de Julio César), Campo de Fiori, Mausoleo de Augusto, Ara Pacis, Piazza del Poppolo, etc......

A mi modo de ver no necesitas agencias ni excursiones, todo eso se hace a pie, a lo sumo, un metro o bus para llegar al Vaticano..., o para regresar al alojamiento desde Trastévere...

Compra entradas a ColisEo, al Vaticano, y pasea con un buen plano y una guía impresa... Ahórrate las excursiones que se asemejan más a un reportaje de tv.