Esas cosas dependen bastante, al menos para mi, del trayecto para llegar y de a dónde me dirija para salir, es decir de la facilidad de acceder al punto de alojamiento desde mi base anterior y la facilidad de tomar transporte para mi base siguiente.
En general no elijo mis alojamientos absolutamente en función de mis gustos, sino de mis condiciones y prioridades de viaje...
A la Spezia es más sencillo llegar que a Riomaggiore, si estás en Florencia, por ejemplo... o en Pisa...
No obstante, la diferencia no es "un abismo", solo tendrías que utilizar un medio de transporte más...
A mi La Spezia, como pueblo, no me parece especialmente bonito, pero sí tiene más vida que Riomaggiore, aunque depende un poco de la época. Riomaggiore es un pueblo lindo, muy chiquito...
Ventajas de Riomaggiore: Es uno de los cinco pueblos de la zona Cinque Terre... Por tanto, si te alojas en él, ese ya lo tienes visto (aunque sea que salgas solo un día por la tarde a cenar. Otra ventaja: Tienes tren y ferry igual que desde La Spezia, pero todo te queda más cerca, a menos tiempo de tren o de ferry.
Si no te complica los traslados para llegar y para partir, creo que Riommagiore estaría bien.
Saludos