Para ir de Amsterdam a Brujas en tren, debes cambiar en Bruselas estación Midí, si encuentras un buen enlace con buen tiempo de trasbordo puedes hacerlo en unas 3 h (tiempo mínimo, puede ser más, incluso bastante más), pero eso sería en cada sentido... El tren es caro, no menos de 40-50 euros fácilmente y mejor sácalo con antelación porque en la estación serán bastante más costoso.

Para hacerlo en bus existe Flixbus, pero hace paradas intermedias, con lo que el viaje se puede prolongar hasta más de 4h por cada sentido. Es notablemente más barato que el tren, pero debes mirar bien las frecuencias y si podrías hacer la vuelta en el mismo día dejando tiempo en el medio para ver Brujas.

Como verás, los tiempos, los precios y conocer Brujas (no es grandota, tampoco es un pueblito, pero sí muy densa en cosas que ver) están bastante reñidos con la conveniencia de hacer un ida y vuelta.

Lo que sí hay son excursiones organizadas que hacer Amsterdam a Brujas, visitan Brujas y te devuelven... Esas excursiones suelen durar entre 10-12 horas, dependiendo de la empresa que las realice, cuatro horas suelen ser para visitar la pequeña ciudad de Brujas y , el resto... de viaje... No lo recomendaría en absoluto... Solo el paseo por los canales que es un imprescindible, ya te va a consumir una hora o bastante más, dependiendo de las colas...

Yo me quedarí una noche...

Saludos