Hola Leticia! Ambas opciones son válidas: si vos o alguno de tu familia ya se a ocupado alguna vez de organizar un viaje al exterior con todo lo que esto implica (armar un itinerario, reservar pasajes, reservar hoteles, organizar los paseos en cada ciudad, averiguar cómo moverse de un punto a otro) con Japón lo pueden hacer perfectamente y acá en el foro te podemos ayudar con las dudas puntuales que te surjan en ese proceso. Para la organización inicial podes dar un vistazo y sacar ideas de la web oficial de turismo de Japón : teniendo un viaje en acción tan largo y costoso, si se pueden extender al menos a 14 días, podrían armar un itinerario como este: https://www.japan.travel/es/es/story/viajeros-callejeros-ruta-por-japon-en-14-dias/

Si falta muy poco para la fecha del viaje, nunca viajaron al extranjero, no les gusta investigar y planificar, claro que acercarse a una agencia de viajes que les ofrezca algo armado y quizá con guía o acompañamiento en español, será más fácil, aunque quita cierta libertad , cómo van tan pocos días, de un modo u otro el itinerario seguramente quedaría parecido, al incluir los puntos principales.