Hola Nelson!
Con los recaudos de usar ropa para nieve (alquilan para bebés y niños), y llevarles igual medias secas para cambiarse luego de jugar, no es muy grande el riesgo de enfermarse (salvo alguna recomendación particular de su pediatra)
La primavera en la patagonia también es bastante fría
Tengan en cuenta que para conocer ambos destinos tendrán que tomar un vuelo nuevamente a Buenos Aires: en invierno no hay vuelos directos entre Bariloche y Calafate, y por tierra son muchísimas horas de viaje (eso si no lo haría en invierno: ir en bus de uno al otro)