Hola Ana: las únicas agencias que pueden ofrecerlo son las grandes (Avis, Hertz) que tienen oficina en ambas ciudades: proba en sus cotizadores que te ofrecen. Yo hice una prueba rápida en la web de Avis y te cobran $AR 1.000.000 (unos U$D 1000) de recargo por devolver en Ushuaia, además del costo de alquiler y seguros. Por menos de eso conseguis como sugiere Sergio, pasajes aéreos de Calafate a Ushuaia
En Argentina no es un servicio habitual que ofrezcan las agencias el de devolución en otra oficina, y cuando es posible es con un recargo mucho más caro que el alquiler en sí.